سازمان فناوری اطلاعات اعلام کرد که فقط شورای عالی فناوری اطلاعات در خصوص نحوۀ کاربرد و تقسیم کار اجرایی بخش‌های مختلف شبکه تصمیم‌گیری خواهد کرد.
روابط عمومی این سازمان اعلام کرد: بر اساس مأموریت‌های ذاتی وزارت ارتباطات و فناوری اطلاعات، که منبعث از قوانین مصوب مجلس شورای اسلامی و اسناد بالادستی است، ایجاد، توسعه و مدیریت زیرساخت ارتباطی و اطلاعاتی کشور وظیفه و تکلیف این وزارتخانه بوده و بدین منظور بر اساس برنامۀ پنجم توسعه و الزامات مصوب شورای عالی فضای مجازی که اخیراً توسط رئیس جمهور ابلاغ شده، شبکۀ ملی اطلاعات در حال پیاده‌سازی و توسعه است.
این سازمان تاکید کرد:از سوی دیگر، شورای عالی فناوری اطلاعات که ریاست آن با رئیس جمهور و در غیاب وی با معاون اول رییس جمهور بوده و دستگاه‌های مختلفی نظیر وزارت کشور، وزرات علوم، تحقیقات و فناوری، وزارت آموزش و پرورش، و وزارت صنعت، معدن و تجارت در آن حضور دارند، در خصوص نحوۀ کاربرد و تقسیم کار اجرایی بخش‌های مختلف شبکه (از جمله شبکه‌های اختصاصی دستگاه‌ها، موسوم به اینترانت دستگاه‌ها) تصمیم‌گیری خواهد کرد.
اين واكنش از آنجا شكل گرفته است كه در روزهای اخیر وزیر کشور در تشریح جزئیات جلسه شورای اجتماعی کشور اعلام کرده بود که مسئولیت ایجاد شبکه ملی مجازی برعهده صدا و سیماست.